<div dir="ltr">Dear<div>RMC group</div><div><br></div><div>I am trying to perform EXAFS fitting for an amorphous material, I have the exafs.dat data files. the rmc6f file and the files generated by feff. However wen I try to run the EXAFS_INTER.exe it does not works. I have created the following snao.dat file</div><div><br></div><div><div>TITLE :: EXAFS</div><div><br></div><div>R_SPACING ::  0.0200 Angstrom</div><div>INPUT_CONFIGURATION_FORMAT ::  rmc6f</div><div>SAVE_CONFIGURATION_FORMAT  ::  rmc6f</div><div>PRINT_PERIOD :: 1</div><div>TIME_LIMIT ::     0.00 MINUTES</div><div>SAVE_PERIOD ::    0.00 MINUTES</div><div><br></div><div>EXAFS ::</div><div> > FILENAME ::EXAFS.dat</div><div> > TYPE(S)_OF_ABSORBING_ATOMS :: 1</div><div> > START_POINT_(k_space) :: 0</div><div> > END_POINT_(k_space) :: 16</div><div> > Fit_space :: r</div><div> > START_POINT_(r_space) :: 0</div><div> > END_POINT_(r_space) :: 6</div><div> > R_SPACING :: 0.01</div><div> > K_POWER :: 2</div><div> > ENERGY_OFFSET :: 0.0 </div><div> > WEIGHT :: 5000</div><div>END ::</div></div><div><br></div><div>I have all the experimental data (exafs in k and R space, structure input), however I don't understand how to use the EXAFS_INTER.exe to generate the *.n1sc1,....files necessary to start the RMC simulation. On the other hand, since this is an amorphous material how can I define different absorbers in the .rmc6f file (this is a cubic cell with 216 atoms, 72 of them are absorbing).</div><div><br></div><div>In some cases I have generate the absorlist.dat and scattlist.dat, but when running rmcprofile an error appear in screen telling that threader are not sufficient scatters for the number of atoms.</div><div><br></div><div>Could you please helmet with this, I have been arround this per days without results. I would be very grateful to you</div><div><br></div><div>best regards </div><div><br></div><div><br></div></div><div class="gmail_extra"><br><div class="gmail_quote">2015-04-09 10:27 GMT+02:00  <span dir="ltr"><<a href="mailto:helen.playford@stfc.ac.uk" target="_blank">helen.playford@stfc.ac.uk</a>></span>:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">





<div lang="EN-GB" link="blue" vlink="purple">
<div>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1f497d">Hi Daniel,<u></u><u></u></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1f497d"><u></u> <u></u></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1f497d">Basically the files that you need to get started are: a configuration file, with extension .cfg or .rmc6f (this contains the atomic coordinates for your ‘box’
 of atoms); one or more data files (in this case your diffraction/total scattering data) and a control file with the extension .dat, which tells the program what to do. Have you had a look at the tutorials that come with the RMCProfile download? They should
 help with the formatting and contents of these files but please ask if not.<u></u><u></u></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1f497d"><u></u> <u></u></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1f497d">For the configuration file you have two options. You can either use the output from EPSR, and convert that into a format suitable for RMCProfile (which seems
 like the best thing to do in this case, and I can help you with the conversion) or you can start from scratch. Because your material is amorphous the most obvious way to generate a starting model is by randomly adding the correct proportions of atoms to a
 box. During refinement you will then probably need to provide more information on , for example, connectivity or coordination number in order for the model to become realistic. There is a program in the RMCProfile distribution called dwbuild which should help
 with this, although it may be extremely slow (as it tries to only place atoms at reasonable distances from one another).<u></u><u></u></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1f497d"><u></u> <u></u></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1f497d">I hope this is helpful! Please get in touch if you need more information/assistance.<u></u><u></u></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1f497d"><u></u> <u></u></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1f497d">Best wishes,<u></u><u></u></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1f497d">Helen<u></u><u></u></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1f497d"><u></u> <u></u></span></p>
<div>
<div style="border:none;border-top:solid #b5c4df 1.0pt;padding:3.0pt 0cm 0cm 0cm">
<p class="MsoNormal"><b><span lang="EN-US" style="font-size:10.0pt;font-family:"Tahoma","sans-serif"">From:</span></b><span lang="EN-US" style="font-size:10.0pt;font-family:"Tahoma","sans-serif""> rmcprofile-users [mailto:<a href="mailto:rmcprofile-users-bounces@rmcprofile.org" target="_blank">rmcprofile-users-bounces@rmcprofile.org</a>]
<b>On Behalf Of </b>Daniel Cowley<br>
<b>Sent:</b> 08 April 2015 17:59<br>
<b>To:</b> <a href="mailto:rmcprofile-users@rmcprofile.org" target="_blank">rmcprofile-users@rmcprofile.org</a><br>
<b>Subject:</b> [RMCProfile-users] RMC Profile Help - Amorphous TeO2<u></u><u></u></span></p>
</div>
</div><div><div class="h5">
<p class="MsoNormal"><u></u> <u></u></p>
<div>
<p style="background:white"><span style="font-family:"Calibri","sans-serif";color:black">Hello,<u></u><u></u></span></p>
<p style="background:white"><span style="font-family:"Calibri","sans-serif";color:black"><u></u> <u></u></span></p>
<p style="background:white"><span style="font-family:"Calibri","sans-serif";color:black">I'm currently in the middle of a project relating to Amorphous TeO₂ (Tellurium Glass).<u></u><u></u></span></p>
<p style="background:white"><span style="font-family:"Calibri","sans-serif";color:black">I've generated a model that is very close to the real world Neutron/X-ray diffraction data using the E.P.S.R. software, and now require to slightly modify the model.<u></u><u></u></span></p>
<p style="background:white"><span style="font-family:"Calibri","sans-serif";color:black">I'm having difficulty creating a valid simulation "from scratch" and what initial input files are required.<u></u><u></u></span></p>
<p style="background:white"><span style="font-family:"Calibri","sans-serif";color:black"><u></u> <u></u></span></p>
<p style="background:white"><span style="font-family:"Calibri","sans-serif";color:black">Any help is appreciated!<br>
Thanks,<u></u><u></u></span></p>
<p style="background:white"><span style="font-family:"Calibri","sans-serif";color:black">Daniel.<u></u><u></u></span></p>
<p style="background:white"><span style="font-family:"Calibri","sans-serif";color:black"><u></u> <u></u></span></p>
<div>
<div name="divtagdefaultwrapper">
<p class="MsoNormal" style="background:white"><span style="font-family:"Calibri","sans-serif";color:black">Daniel Cowley
<u></u><u></u></span></p>
<div>
<p class="MsoNormal" style="background:white"><span style="font-family:"Calibri","sans-serif";color:black">Mechanical Engineering Student<u></u><u></u></span></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal" style="background:white"><span style="font-family:"Calibri","sans-serif";color:black">University of Nottingham UK.<u></u><u></u></span></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal" style="background:white"><span style="font-family:"Calibri","sans-serif";color:black"><a href="mailto:eaydaco@nottingham.ac.uk" target="_blank">eaydaco@nottingham.ac.uk</a><u></u><u></u></span></p>
</div>
</div>
</div>
</div>
<pre><u></u> <u></u></pre>
<pre><u></u> <u></u></pre>
<pre><u></u> <u></u></pre>
<pre>This message and any attachment are intended solely for the addressee<u></u><u></u></pre>
<pre>and may contain confidential information. If you have received this<u></u><u></u></pre>
<pre>message in error, please send it back to me, and immediately delete it. <u></u><u></u></pre>
<pre><u></u> <u></u></pre>
<pre>Please do not use, copy or disclose the information contained in this<u></u><u></u></pre>
<pre>message or in any attachment.  Any views or opinions expressed by the<u></u><u></u></pre>
<pre>author of this email do not necessarily reflect the views of the<u></u><u></u></pre>
<pre>University of Nottingham.<u></u><u></u></pre>
<pre><u></u> <u></u></pre>
<pre>This message has been checked for viruses but the contents of an<u></u><u></u></pre>
<pre>attachment may still contain software viruses which could damage your<u></u><u></u></pre>
<pre>computer system, you are advised to perform your own checks. Email<u></u><u></u></pre>
<pre>communications with the University of Nottingham may be monitored as<u></u><u></u></pre>
<pre>permitted by UK legislation.<u></u><u></u></pre>
</div></div></div>
</div>

<br>_______________________________________________<br>
rmcprofile-users mailing list<br>
<a href="mailto:rmcprofile-users@rmcprofile.org">rmcprofile-users@rmcprofile.org</a><br>
<a href="http://lists.rmcprofile.org/mailman/listinfo/rmcprofile-users" rel="noreferrer" target="_blank">http://lists.rmcprofile.org/mailman/listinfo/rmcprofile-users</a><br>
<br></blockquote></div><br><br clear="all"><div><br></div>-- <br><div class="gmail_signature"><div dir="ltr">



















<p><i><span style="font-family:"Times New Roman"" lang="ES-TRAD">Carlos Augusto Triana Estupiñan
(C.A. Triana-E)<br>
Physicist<br>
M.Sc. In Physical Sciences-Research<br>
PhD Student-Research <br>
Ångströmlaboratoriet, Lägerhyddsv. 1<br>
Solid State physics<br>
Uppsala University, Box 534<br>
751 21 Uppsala, Sweden<br>
Tel: +46 018 471 3144<br>
<a href="mailto:e-mail%3Acarlos.triana@angstrom.uu.se" target="_blank">e-mail:carlos.triana@angstrom.uu.se</a><br>
web:<a href="http://www.uu.se/" target="_blank">http://www.uu.se/</a></span></i><span style="font-family:"Times New Roman"" lang="ES-TRAD"></span></p>





 <i><span style="font-size:10.0pt;font-family:"Times New Roman"" lang="EN-US"></span></i>



<i><span style="font-size:10.0pt;font-family:"Times New Roman";color:#1a1a1a" lang="EN-US"></span></i></div></div>
</div>